完成した。

少しノイズがあるのでデジタル・アイソレータADuM5401も試したが効果は無かった。計測震度0.1程度なので支障は無いと思う。

起動後2147秒後にハングアップするバグに悩んだが、Timerが0x7fffffffでオバーフローしていた。

ユーザメモリ32kバイトでは足らないのでシステム用メモリも使用する。
http://mbed.org/users/okini3939/notebook/mbed256_memory/

char buf1[0x4000]; // 通常エリア
char buf2[0x4000] __attribute__((section(“AHBSRAM0”))); // USB用エリア
char buf3[0x4000] __attribute__((section(“AHBSRAM1”))); // Ethernet用エリア

ソース
mbed_lpc1768_eq.cpp
fftfloat.c

追記:
Timerがうまく動かないのでソースを修正した。